Bien évidemment, dans la nature, il n'existe pas de filtre car l'eau renferme en elle même son propre pouvoir régénérateur. En aquarium, la filtration consiste à rendre à l'eau son pouvoir régénérateur et, pour ce faire, l'on distingue deux types de filtrations. L'une, mécanique, fait intervenir des matériaux comme la laine de Perlon (qui remplace avantageusement la dangereuse laine de verre). Placée en toute première place dans le filtre, elle retiendra les déchets en suspension dans l'aquarium, permettant ainsi à l'eau de rester limpide. L'autre, dite biologique, offre à l'aquarium la possibilité de s'autoépurer en donnant au filtre le pouvoir de créer et de développer une vie bactérienne, source de régénération et d'équilibre chimique.
Les filtres intérieurs :
Le plus simple, appelé filtre sous gravier, est constitué d'une plaque en plastique équipée d'un exhausteur alimenté par un aérateur ou par une turbine. C'est l'exemple même de la filtration biologique. Posée sur le fond de l'aquarium, la plaque filtrante est recouverte d'une couche de sable pas trop fin, d'une épaisseur minimale de 5 centimètres. En filtrant l'eau, le sable permet l'installation de colonies bactériennes. Les avantages de ce système sont un faible coût et la discrétion de son encombrement. En revanche, l'on constate souvent une saturation rapide du sable. Les plus répandus sont les filtres à turbine, de capacités très variables et qui peuvent recevoir des matériaux filtrants mécaniques et biologiques. Ils sont peu onéreux et d'entretien facile, mais ils restent encombrants sans que leur capacité de filtration en soit augmentée.
Les filtres intérieurs à décantation :
Ils sont généralement composés de trois éléments : le premier reçoit l'eau de l'aquarium et la chauffe, le second abrite les charges filtrantes mécaniques et biologiques, et le troisième, équipé d'une turbine, renvoie l'eau dans l'aquarium. Si ce système, très efficace, bénéficie d'une facilité d'entretien, il souffre néanmoins d'un encombrement important qui réduit fortement l'espace visuel de l'aquarium. Il existe également des filtres extérieurs à décantation, utilisés pour les grands aquariums et les aquariums marins, qui, bien que coûteux et volumineux, offrent la plus grande capacité de filtration et restent d'un entretien aisé.
Les filtres extérieurs :
Dans ce cas, l'eau est aspirée de l'aquarium vers la cuve du filtre, lui-même rempli de matières filtrantes mécaniques et biologiques, puis est renvoyée dans l'aquarium. Ce système est simple à dissimuler, malgré les tuyaux, et présente une grande capacité de filtration. En outre, il est d'un entretien facile pour peu que l'on équipe les tuyaux de robinets. Cepedant, le prix est assez dissuasif et le système porte des risques non négligeables de "siphonage" en cas de mauvaise installation ou de coupure de courant. Pour éviter toute suprise désagréable, il faut toujours placer ce filtre plus haut que l'aquarium. Même si ce n'est ni pratique ni esthétique, il vaut mieux, en cas d'incident, voir la pompe se vider dans l'aquarium que l'aquarium... sur la moquette!